农业产业生态系统的建立与发展是促进中国农业产业化、现代化和带动乡村振兴的重要抓手，但鲜有文献关注治理机制对其发展演进的重要影响。本文基于社会生态系统（Social Ecological System,SES）分析框架，构建了农业产业生态系统理论框架，在此基础上建立行动主体跨期博弈模型，剖析了关系和契约治理机制在系统发展不同阶段治理绩效的相对变化及其对系统演进的影响，并基于国家级重点龙头企业开原胜利牧业主导下的农业产业生态系统进行了案例分析。理论结合案例分析表明：农业产业生态系统演进路径呈现关系治理不断减弱、契约治理不断增强的绩效特征；发展初期，关系治理对促进农业产业生态系统的合作化建立起到主要作用；发展中期，关系治理与契约治理优势互补、纵向嵌合形成协同治理效应，对促进产业化快速深入发展起到关键作用；发展成熟期，契约治理基于系统演进情境不断优化设计，拓展有限理性，对促进产业化稳固可持续发展起到主导作用。本文研究发现丰富了农业产业生态系统理论内涵，揭示了农业产业化发展进程中治理机制动态调适的优化规律，拓宽了产业化集体行动研究的理论边界。